Đối với những bé bị táo bón mà việc thay đổi chế độ ăn, thói quen sinh hoạt nêu trên vẫn chưa mang lại hiệu quả cần thiết thì thuốc là biện pháp cần thiết để mang lại thành công cho việc điều trị. Có một điều chúng ta ít được biết là việc điều trị táo bón đòi hỏi rất nhiều thời gian. Theo những khuyến cáo mới nhất, sau khi bé đã được lấy sạch phân cứng ứ trong trực tràng và đã đi tiêu bình thường (phân mềm, ít nhất 3 lần mỗi tuần) thì việc dùng thuốc để giữ tình trạng như vậy phải được duy trì ít nhất là 6 tháng kế tiếp.3 Đây là một điểm rất quan trọng vì một số phụ huynh khi thấy con mình đi tiêu bình thường trở lại thì tự ý ngưng thuốc và táo bón sẽ bị tái phát. Quá trình ngưng thuốc quá sớm rồi dùng lại nhiều lần sẽ làm táo bón tái phát nhiều lần và việc điều trị sẽ ngày càng khó khăn hơn. Không khuyến cáo các biện pháp thụt tháo (như bơm hậu môn bằng glycerin) trong thời gian điều trị duy trì kéo dài.5
Chính vì thời gian điều trị táo bón đòi hỏi thời gian dài như vậy nên các thuốc dùng trong táo bón đòi hỏi phải rất an toàn. Một loại thuốc được các Bác sĩ ưa dùng cho trẻ em vì đã chứng minh được tính hiệu quả và an toàn là lactulose.3 Lactulose giúp làm mềm phân, dễ đi tiêu và còn giúp duy trì các vi khuẩn có lợi trong đường ruột của trẻ.6 Các loại thuốc khác cũng có thể sử dụng là polyethylene glycol (PEG), sorbitol, các loại dầu khoáng, các thuốc nhuận trường kích thích, …